路線編號	路線方向
59A	屯門碼頭 » 葵芳（葵翠邨） 只限星期一至五服務
59A	葵芳（葵翠邨） » 屯門碼頭 只限星期一至五服務
59M	屯門碼頭 » 荃灣站 經：屯門公路轉車站
59M	荃灣站 » 屯門碼頭 經：屯門公路轉車站
59R	高鐵站上落客區 » 屯門碼頭 只限西九龍文化區有特別活動日子服務
59X	屯門碼頭 » 旺角東站 經：屯門公路轉車站
59X	旺角東站 » 屯門碼頭 經：屯門公路轉車站
259R	香港體育館 » 屯門碼頭 只限紅磡香港體育館有活動日子服務
506	屯門碼頭 » 兆麟
506	兆麟 » 屯門碼頭
B3	屯門碼頭 » 深圳灣口岸
B3	深圳灣口岸 » 屯門碼頭 每日22:10前班次
B3	深圳灣口岸 » 屯門碼頭 每日22:20後班次
N260	屯門碼頭 » 美孚
N260	美孚 » 屯門碼頭
N60	荃灣站 » 屯門碼頭
NB3	屯門碼頭 » 深圳灣口岸 只限深圳灣口岸進行24小時通關日子服務
NB3	深圳灣口岸 » 屯門碼頭 只限深圳灣口岸進行24小時通關日子服務
R260	屯門碼頭 » 尖東（麼地道） 只限渣打馬拉松舉行日清晨服務
R33P	迪士尼樂園 » 兆康站（南） 只限迪士尼樂園有特別大型活動期間服務